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  免疫基因組分析--預測食管癌新輔助化療反應
  
  2022-08-17 來源：轉化醫(yī)學網(wǎng)
  
  針對上述情況，近日，來自日本理化學研究所綜合醫(yī)學中心（Riken Center for Integrative Medical Sciences）等機構的研究者開發(fā)了一種基于機器學習的診斷模型，來用于預測ESCC患者對鉑類新輔助化療（NAC）的反應。
  
  該模型綜合考慮了轉錄組學、免疫及拷貝數(shù)變異（CNV）方面的相關因素（也包含了吸煙狀態(tài)等其他指標），并將這些因素結合到基于隨機森林方法的模型（random forest method-based model）中，以預測NAC治療反應。據(jù)研究數(shù)據(jù)顯示，該模型的準確率高達84%，該研究于8月8日發(fā)表于Cell Reports Medicine期刊。
  
  免疫反應途徑和腫瘤基因組譜
  
  研究人員收集了121名ESCC患者NAC治療前的活檢樣本，此121名患者隨后接受了NAC治療。在接受NAC治療后，8名患者得到完全緩解，67名對治療有部分緩解，36名患者病情穩(wěn)定，10名出現(xiàn)疾病進展。
  
  雖然研究人員沒有發(fā)現(xiàn)對治療有反應的患者與對治療沒有反應的患者之間基因表達的顯著差異，但他們確實檢測到了在前者（獲得完全緩解或部分緩解的患者）中富集的基因途徑。這些途徑包括許多參與免疫反應的途徑：例如IL2 STAT5信號傳導和干擾素γ反應途徑。
  
  研究團隊進一步檢查了樣本中的T細胞特征——因為腫瘤浸潤的CD8+ T細胞已經(jīng)能夠預測其他類型癌癥的免疫治療或化療反應、以及患者生存率；并發(fā)現(xiàn)基于這些特征的治療反應存在顯著差異。這引導了研究者對腫瘤微環(huán)境中的其他免疫細胞進行檢查。他們發(fā)現(xiàn)具有高水平CD8+T細胞、CD4+T細胞和B細胞的樣本對NAC治療反應率較高；而那些主要具有中性粒細胞的樣本則具有較低的反應率。
  
  同時，研究人員還檢查了腫瘤的基因組譜。他們注意到應答者和無應答者的腫瘤之間存在類似的突變負擔，并且近80%的ESCC病例在染色體臂水平上具有拷貝數(shù)變異（CNV）。
  
  在應答者中，許多復發(fā)性拷貝數(shù)變化聚集在某些生物途徑中，包括干擾素γ反應途徑——這表明了這種改變與ESCC病例中的化療敏感性和免疫反應相關聯(lián)。研究小組進一步生成了在ESCC中發(fā)現(xiàn)的六個拷貝數(shù)特征（copy number signatures），這些特征被證明與治療反應有關。
  
  “我們鑒定出的遺傳特征和免疫反應差異，這兩者和NAC的治療反應是獨特相關的。這表明有一部分患者在接受NAC治療前就具有了突變，這些突變導致了這些患者對NAC治療產(chǎn)生了耐藥性?！?該論文的資深作者、來自日本理化學研究所的Hidewaki Nakagawa及其同事在該論文中寫道，“重要的是，這些突變可能在臨床上是有效的；并且也將能夠支持那些針對轉移性ESCC患者的靶向治療策略?！?/span>
  
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